Профсоюзная организация ВГАУ существует с 1917 года (в 1991 году, Приказом Госкомиссии Совмина СССР по продовольствию и закупкам Воронежский СХИ был преобразован в государственный аграрный университет). В разные годы ее возглавляли: Д.Ф. Козырев, Б. Дмитриев, С. Панин, И. Прохорчук, Е.С. Могилевский, А.Ф. Резанова, Л.Ю. Лукин, В.И. Нагорнов, И.Н. Слюсарев, В.И. Захаров, Л.П. Костин, В.С. Воищев, О.Ю. Агеева, В.М. Воронин, Н.В. Королькова, А.М. Восковых, А.Ю. Бунина (в настоящее время).

Начиная с 1966 года профсоюзный комитет много внимания уделял улучшению жилищных условий сотрудников, переселяя их из бараков во вновь отстроенные дома. При активном участии профсоюзной организации были открыты для оздоровления студентов и сотрудников ВСХИ базы отдыха «Вардане» на Черноморском побережье и «Писаревка» в Рамонском районе, санаторий-профилакторий.

В 1983 году был сдан в эксплуатацию 84-квартирный дом, который полностью заселили сотрудники агроуниверситета. Наряду с этим, часть сотрудников, желающих строить дома индивидуально, обеспечивалась земельными участками.
Серьезное внимание профсоюзный комитет уделял учебно-воспитательной работе. Культурно-массовая комиссия организовывала экскурсии по городам-героям, историческим, литературным местам, культпоходы в театры города. Организовывала вечера отдыха сотрудников, выставки сельскохозяйственной продукции. К Новому году для детей сотрудников устраивала детские утренники и выдавала подарки.

Профсоюзный комитет тесно работает с Советом ветеранов.
При активном участии садово-огородной комиссии, для сотрудников ВГАУ создано 3 садовых товарищества: «Сенное» – 240 участков, «Ямань-1» – 500 участков, «Ямань-2» – 100 участков.

Начиная с 1990 года, с целью упорядочения взаимоотношений коллектива агроуниверситета и его администрацией, заключается коллективный договор. Коллективный договор составлен на основе закона РФ «О коллективных договорах и соглашениях». Он обеспечивает все стороны деятельности агроуниверситета, предусмотренные его «Уставом», защиту прав и интересов трудового коллектива, а также пенсионеров, являющихся членами профсоюзной организации агроуниверситета.
В девяностые годы в результате политики, проводимой гайдаровским правительством, Воронежский госагроуниверситет, как и другие государственные ВУЗы России вынуждены были бороться за выживание. Из-за отсутствия финансирования ВГАУ потерял базы отдыха «Вардане» и «Писаревка». В 2001 году Правительство урезало финансирование даже на Новогодние детские подарки.

Целенаправленная, разрушительная для высшего образования России политика правительства РФ, одобренная президентом РФ Б.Н. Ельциным в конце 90-х годов, поставила государственное Высшее образование в России на грань уничтожения. Многолетнее недофинансирование ВГАУ по всем бюджетным статьям, реальная угроза приватизации агроуниверситета, обвального сокращения штатов сотрудников и студентов и многие другие негативные шаги Правительства РФ заставили Профсоюзный комитет ВГАУ вырабатывать в новых социально-экономических условиях, несвойственные для профсоюзных комитетов ранее, формы работы, направленные на организацию массовых протестов против проводимой разрушительной политики Правительства.

В эти тяжелейшие годы профсоюзный комитет совместно с администрацией ВГАУ, направляет усилия на сплочение коллектива ВГАУ, а также на консолидацию протестных действий всех государственных вузов г. Воронежа, направленных на самосохранение и спасение высшего образования в РФ. Профкомы ВУЗов г. Воронежа различных отраслей при активном участии Профкома ВГАУ, совместно с Областным комитетом профсоюза работников народного образования, одними из первых в России, призвали сотрудников и студентов образовательных учреждений всеми законными методами противостоять непродуманным действиям Правительства. Были организованы и проведены профсоюзные собрания коллективов высших учебных заведений, митинги-протесты на площади В.И. Ленина, организованы собрания профессоров города, отправлены письма протесты за подписью председателей Профкомов всех государственных ВУЗов г. Воронежа Президенту РФ, Правительству РФ, в государственную Думу, Совет Федераций, губернатору области и другие властные инстанции. За период с 1995-2005 гг. было проведено 26 массовых акций протеста в защиту высшего образования. Особое внимание Профком ВГАУ уделял работе с Воронежскими депутатами Государственной Думы, требуя от них выполнения своих предвыборных обещаний и отстаивания интересов работников и студентов ВУЗов. Для усиления координации действий профсоюзные организации государственных ВУЗов в 2001 году объединились в Воронежскую Ассоциацию Профсоюзов Высших Учебных Заведений.

С 2009 по 2017 годы существовала Объединенная организация профсоюза сотрудников и студентов, которая была создана для усиления социальной защищенности обучающихся, ППС и сотрудников аграрного университета.

Профсоюзный комитет представляет  интересы работников  ВГАУ не только на федеральном и региональном уровнях, но и во взаимоотношениях с администрацией университета. Защита социально-экономических интересов работников университета строится на основе Коллективного договора заключаемого между работодателем и работниками. При этом инициатором коллективных переговоров по разработке и его заключению выступает профсоюзная организация.

В настоящее время профсоюзная организация Воронежского ГАУ объединяет 663 сотрудника.